薬師堂本堂は、文明１０年（1478）卯月８日、水谷家初代勝氏が建立したといわれており、現在の堂宇は元禄４年（1691）の再建と伝えられ、木造欅材入母屋造(いりもやづくり)平屋銅板葺の三間四面で、四囲を朱色で塗り、蟇股(かえるまた)に十二支の彫刻と正面に龍の丸彫を配します。平面形式は結界を設け、密教本堂の流れをひいています。建築様式からもその当時のものと推定されます。昭和５９年に従来の瓦葺を銅板葺に改修しています。